1746 wurde in München zwischen Churfürst Maximilian Joseph, dem letzten Bayerischen Wittelsbacher (1745 – 1777), und dem Bräuverwalter zu Schönberg und Grafenau, Franz Ignaz Grueber, ein Pachtvertrag geschlossen, wonach dem Grueber das Weiße Bräuhaus in Grafenau und das Braune Bräuwerk in Schönberg auf drei Jahre gegen einen Pachtschilling von 37 fl pro Sud Weißbier und 17 fl pro Sud Braunbier übergegeben wurde. Eine Reihe von Jahren hört man jetzt nichts mehr über das Bräuhaus.
Mittlerweile aber hatten sich die Grundlagen völlig verändert. Hatte man in früheren Jahrhunderten das Weizenbier bevorzugt, so hatte sich jetzt mit der Zeit der Geschmack des Publikums dem braunen Gerstenbier zugewandt, das für nahrhafter galt und überdies billiger war. So war allmählich aus dem Privileg der Grafenauer, Weißbier brauen und trinken zu dürfen, eine Belastung geworden, indem alle Welt braunes Bier trank, die Grafenauer Wirte aber kein solches ausschenken durften.
Der als Kommissar zur Untersuchung abgestellte Dießensteiner Beamte Löschmann regte die Umstellung des Bräuhauses auf das Brauen von Gerstenbier an. 1792 wiederholte der Braumeister Johann Cristoph Leeb diesen Vorschlag. Solange die Stadt ihre Verpflichtung, nur weißes Bier vom hiesigen Bräuhaus ausschenken zu lassen, eingehalten habe, hätte ein Bräumeister ein gutes Auskommen gehabt. Jetzt halte sich aber kein Mensch mehr daran, vielmehr werde von allen Seiten braunes Bier in die Stadt gebracht, sodass im Bräuhaus mit knapper Not noch 30 bis 32 Sud im Jahr gemacht werden können.
1799 kam dann noch ein Mandat, wonach der Abnahmezwang bei allen Gattungen Bier in Bayern aufgehoben wurde. Das legten die Grafenauer Wirte so aus, dass sie jetzt braunes Bier ausschenken dürften. Infolgedessen ging das weiße Sudwesen seinem Ende entgegen. In den Jahren 1797 bis 1800 konnten zusammen noch 179, von 1801 bis 1804 dagegen nicht mehr als 21,5 weiße Biersuden gebraut werden. 1804 war es schließlich dahin gekommen, dass wegen des äußerst geringen Absatzes und, nachdem weder Geld noch Materialien vorrätig waren, das Sudwesen ganz eingestellt war. Die Churfürstliche Bräuwesen-Administration schlug daher die Verpachtung des Bräuhauses vor, welche auch durch allerhöchste Entschlüsse angeordnet wurde. Da man aber keinen Pächter fand, begann man 1805 mit der Erzeugung eines, dem braunen Winterbier ähnlichen, weißen Gerstenbieres. Aber auch dieses fand nicht den gewünschten Absatz.
Am 14.8.1807 gab deshalb König Max Josef den Auftrag, das weiße Bräuhaus in Grafenau in der Eigenschaft als braune Brauerei auf bodenzinsiges Eigentum zu versteigern.
Bei der Versteigerung am 29.9.1807 wurden 2 Gebote gelegt. Der Zuschlag erfolgte an Scharrer vorbehaltlich der Genehmigung. Jetzt aber erhob die Stadtgemeinde, die bisher mit ihren begründeten Ansprüchen noch gar nicht gehört worden war, Vorstellung beim König, mit dem Erfolg, dass durch allerhöchstes Reskript vom 9.10.1807 das Bräuhaus mit dem Recht, braunes und Weizenbier zu brauen, in Betracht der obwaltenden besonderen Umstände der Stadt überlassen wurde. Entsprechend den Vertragsbedingungen ging das Bräuhaus nicht auf die Stadtgemeinde, sondern auf die damals ansässigen 95 Bürger über, die eine „Bürgerliche Bräugesellschaft“ bildeten und auch den Kaufpreis von 4.108 fl aufbringen mussten. Daneben musste auch für über 2000 fl neues Bräugeschirr, eine neue steinerne Weiche und eine Malzdörre beschafft werden. Diese Zahlungen durfte der Grund gewesen sein, dass bis 1816 bereits 39 Gesellschafter ausgetreten waren.
Mit Vertrag vom 29.12.1824 verkaufte die Bürgerliche Bräugesellschaft das Bräuhaus mit Zubehör um 4400 fl an sieben Wirte, von denen jeder 325 fl einlegte.
Das meiste damals gebraute Bier wurde in der Stadt selbst abgesetzt, was nicht verwunderlich ist, da sich in naher Umgebung 10 Brauhäuser befanden: Eppenschlag, Hilgenreith, Innernzell, Klingenbrunn, Oberkreuzberg, Ramelsberg, Saldenburg, Schönberg, St. Oswald, Zenting.
Den Bedürfnissen der Brauer entsprach allerdings das hiesige Bräuhaus nur höchst notdürftig. Besonders der einzuhaltende Turnus stand dem Geschäftsbetrieb hinderlich entgegen.
Als erster baute deshalb der Wirt Rosenlehner 1843 bei seinem Anwesen ein eigenes Brauhaus. Am 1.3.1844 wurde ihm die Genehmigung zum Austritt aus der Bräugesellschaft erteilt. Als Abfindung bekam er 825 fl.
Bald darauf fiel das Bräuhaus dem Brand vom 18./19.8.1844 zum Opfer. Man baute es nicht mehr auf, vielmehr traten alsbald die Wirte Enthammer, Esterl und Bothschafter aus der Gesellschaft aus und bauten sich eigene Brauhäuser.
1849 heißt es von dem Grafenauer Bräuhaus, dass es nur noch ein Bild der erlittenen Zerstörung biete und aus einer stark beschädigten Mauer mit einem Notdach bestehe. An Einrichtung waren noch vorhanden ein noch guter Maischbottich, eine Kühle, eine größere Bräupfanne, ein Branntweinkessel, eine gezimmerte Wasserreserve. Unter dem Bräuhaus befand sich der Gärkeller, der sich unter das Rathaus hinzog.
Aber schon im Sommer 1849 musste das Bräuhaus wegen Einsturzgefahr abgerissen werden. Die kupferne Bräupfanne, den kupfernen Branntweinkessel und Maischbottich übernahm der Wirt Haas um 850 fl. Das Holzwerk des Daches teilten sich die Bräuer.
Nach Abfindung des Gläubigers Paul Mühldorfer in Passau mit 2000 fl wurde 1850 der Rest der Brandentschädigung von 8000 fl, von der schon Vorschüsse zu Bau eigener Bräuhäuser bezahlt waren, an die Brauer verteilt, wobei auch der früher ausgetretene Rosenlehner (später: Bucher-Bräu) berücksichtigt wurde. Damit war die bürgerliche Bräugesellschaft aufgelöst und die Geschichte des Grafenauer Bräuhauses beendet.
1862 kaufte die Stadt den Bräuhausplatz um 700 fl und verkaufte ihn 1898 als Platz Nr. 25 Brandstätte mit dem ehemaligen Rathaus an das Königreich Bayern.
Heute erinnert an das Bräuhaus nur mehr der Keller des Nationalparkamtes.